Начавшиеся в 90-х годах ХХ в. демократические преобразования в Российской Федерации, вызвавшие необходимость реформирования архивной отрасли, направленной на реконструкцию всего Архивного фонда России, не могли не отразиться на архивном деле Курской области.
С принятием «Основ законодательства РФ об Архивном фонде Российской Федерации и архивах» (1993г.), Положения об Архивном фонде РФ (1994 г.), Курской областной Думой было утверждено «Положение об Архивном фонде Курской области и архивах».
Администрацией Курской области было издано ряд постановлений и распоряжений, направленных на реорганизацию управления архивной отраслью. Неоднократно менялось название руководящего архивного органа: архивный отдел администрации Курской области (1992 г.), архивное управление администрации Курской области (1997 г.), главное архивное управление Курской области (2001 г.), архивное управление Курской области (2006 г.).

С августа 1991 г., в соответствии с Указом Президента РСФСР «О партийных архивах», документы КПСС и ВЛКСМ были переданы на государственное хранение, а партийный архив был преобразован в архивохранилище фондов общественных организаций, которое на правах отдела вошло в структуру государственного архива Курской области. В январе 1998 г., в целях обеспечения сохранности архивных документов по истории общественно-политической жизни Курской области, архивохранилище фондов общественных организаций было преобразовано в Центр документации новейшей истории Курской области с правом юридического лица и комплектованием документов политических партий, общественных организаций и молодежных движений (с 10 июня 2003 г. – государственный архив общественно-политической истории Курской области).

Важным этапом в развитии архивной службы Курской области стала реорганизация в районах объединенных межведомственных архивов по личному составу в архивы документов по личному составу в структуре администраций районов, а затем преобразование в 1993 г. районных государственных архивов в архивные отделы администраций районов с передачей им штатной численности архивов документов по личному составу. В 1993 г. в архивной отрасли Курской области появились два новых городских архива – архивный отдел администрации г. Курчатова и архивный отдел документов по личному составу администрации г. Курска.

Постановлением Губернатора Курской области от 31 января 2000 г. архивные отделы администраций 28 районов области и 2 городов (г. Курск, г. Курчатов) были переименованы в архивные отделы администраций исполнительной государственной власти районов.

В 90-е гг., несмотря на кардинальные изменения в социально-экономической сфере, носившие зачастую кризисный характер, количественный состав источников комплектования архивов Курской области увеличился почти вдвое. Наиболее интенсивно работа по пересмотру списков источников комплектования архивов проводилась в первой половине 90-х гг. Переход к рыночным отношениям повлек за собой перестройку государственных и производственных структур, реорганизацию или ликвидацию учреждений и предприятий, образование новых структур. В источники комплектования были включены организации муниципального уровня, негосударственные структуры, а также вновь образованные общественные объединения и политические партии.